مریدان که می‌دیدند که مولانا مرید ژنده‌پوشی گمنام شده و توجهی به آنان نمی‌کند، به فتنه‌جویی روی آوردند و به شمس تبریزی ناسزا می‌گفتند و تحقیرش می‌کردند. شمس تبریزی از گفتار و رفتار مریدان رنجید و در روز پنجشنبه ۲۱ شوال ۶۴۳، هنگامی‌که مولانا ۳۹ سال داشت، از قونیه به دمشق کوچید. مولانا از غایب بودن شمس تبریزی ناآرام شد و فرزند خود سلطان ولد را همراه جمعی به دمشق فرستاد تا شمس تبریزی را به قونیه باز گردانند. شمس تبریزی بازگشت و سلطان ولد به شکرانهٔ این موهبت یک ماه پیاده در رکاب شمس تبریزی راه پیمود تا آنکه به قونیه رسیدند و مولانا از گرداب غم و اندوه رها شد.

پس از مدتی دوباره حسادت مریدان برانگیخته شد و آزار شمس تبریزی را از سر گرفتند. شمس تبریزی از کردارهایشان رنجید تاجایی‌که که به سلطان ولد شکایت کرد و با استمرار تحرکات، سرانجام بی‌خبر از قونیه رفت و ناپدید شد. تاریخ سفر او و چگونگی آن به درستی دانسته نیست.

مولانا در دوری شمس تبریزی ناآرام شد و روز و شب به سماع پرداخت و حال آشفته‌اش در شهر بر سر زبان‌ها افتاد.

مولانا به شام و دمشق رفت اما شمس را نیافت و به قونیه بازگشت. او هر چند شمس تبریزی را نیافت؛ ولی حقیقت شمس تبریزی را در خود یافت و دریافت که آنچه به دنبالش است در خودش حاضر و متحقق است. مولانا به قونیه بازگشت و رقص و سماع را از سر گرفت و جوان و خاص و عام مانند ذره‌ای در آفتاب پر انوار او می‌گشتند و چرخ می‌زدند. مولانا سماع را وسیله‌ای برای تمرین رهایی و گریز می‌دید. چیزی که به روح کمک می‌کرد تا در رهایی از آنچه او را مقید در عالم حس و ماده می‌دارد پله پله تا بام عالم قدس عروج نماید. چندین سال گذشت و باز حال و هوای شمس تبریزی در سرش افتاد و به دمشق رفت؛ اما باز هم شمس تبریزی را نیافت و به قونیه بازگشت.

مولانا پس از جستجوی بسیار، سر به شیدایی بر آورد. انبوهی از شعرهای دیوان در حقیقت گزارش همین روزها و لحظات شیدایی است .

پس از غیبت شمس تبریزی ، شورمایه جان مولانا دیدار صلاح الدین زرکوب بوده است. وی مردی بود عامی ، ساده دل و پاکجان که قفل را "قلف" و مبتلا را " مفتلا" می گفت. توجه مولانا به او چندان بود که آتش حسد را در دل بسیاری از پیرامونیان مولانا بر افروخت . بیش از ۷۰ غزل از غزل های مولانا به نام صلاح الدین زیور گرفته و این از درجه دلبستگی مولانا به وی خبر می دهد . این شیفتگی ده سال یعنی تا پایان عمر صلاح الدین دوام یافت.

روح ناآرام مولانا همچنان در جستجوی مضراب تازه ای بود و آن با جاذبه حسام الدین به حاصل آمد. حسام الدین از خاندانی اهل فتوت بود. وی در حیات صلاح الدین از ارادتمندان مولانا شد. پس از مرگ صلاح الدین سرود مایه جان مولانا و انگیزه پیدایش اثر عظیم او، مثنوی معنوی ، یکی از بزرگ ترین آثار ذوقی و اندیشه بشری ، را حاصل لحظه هایی از همین هم صحبتی می توان شمرد.

مهمترين اثر منظوم مولوي مثنوي معنوي است. در شش دفتر به بحر رمل مسدس مقصور يا محذوف كه در حدود ۲۶۰۰۰ بيت دارد. دومين اثر بزرگ مولوي(ديوان كبير) مشهور به ديوان غزليات شمس است. استاد همايي مي‌گويد: (غزليات ديوان شمس آثار سي سال نيمه‌آخر زندگاني مولوي است به اين ترتيب كه مجموع ديوان به سه بخش تقسيم مي‌شود قسمت اكثرش مربوط به ده يازده سال ايام پيوستگي و جدايي مولاناست با شمس وقتي كمتر از آن متعلق است به ده سال ايام سردر گمي مولانا به صحبت شيخ صلاح الدين زركوب و بخش سوم مربوط به ده سال آخر عمر مولوي است و عهد مصاحبت حسام‌الدين چلبي.

از مهمترین آثار منثور او فیه ما فیه، مجالس سبعه و مکتوبات می باشد